对多余的胚胎进行冷冻，以备以后移植，可以增加IVF的累积妊娠率，并可大大节省费用。有时当有严重OHSS风险，或因其它原因不宜进行胚胎移植时，会冻存所有的胚胎。
用冻融胚胎进行移植的程序通常如下：
自然周期
对于月经规律的妇女，可以在排卵后移植，根据胚胎冻存时所处的阶段(卵裂期胚胎或囊胚)，确定是在排卵后3天还是5天移植胚胎。
人工周期
对于月经不规律的妇女，可以采用人工周期的方法构建子宫内膜。通常是在月经来潮(或黄体酮撤退出血)的第2～3天开始，每日口服4～6mg雌激素，7～10天后监测子宫内膜的情况，当子宫内膜厚度≥8mm后，开始给予孕激素，4～5天后进行胚胎移植。如果是移植囊胚，则移植的时间后推。
